在等候硕果累累的同时，一些病虫病害乘机作怪，使用连栋温室来种植蔬菜，对收成构成极大的隐忧。所以，消毒变成首战之地的问题，消毒并不是单一的对土壤和作物消毒，而是多方面的。
1.土壤消毒。针对土壤的病虫害品种选用农药，在定植前10天-15天进行。若枯萎病严重，可在畦面或沟面喷浇100倍-200倍的福尔马林液，用薄膜掩盖五天，等半月后药剂就悉数蒸发完毕了，这时可播种、定植。若有地下害虫可在土壤处理时加一定数量的杀虫剂。
2.棚内消毒。在播种或定植前7天-10天进行棚内消毒。每立方米用四克硫磺、八锯末克混合均匀，放在容器内燃烧，于在晚七点钟熏烟密闭一天一夜。
3.沟塘消毒。假如枯萎病严重，可在完植前进行土壤消毒，也能够在定植沟塘内进行，每亩用50%托布津1.25千克或50%多菌灵0.75千克或70%五氯硝基苯1千克支配进行消毒。
4.东西消毒。这点一般被我们疏忽，有些病害是经过作业东西的缝隙得以留存的，它们是连栋温室病害传达的喽啰。
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